Ecuacier está dirigido y administrado por un Directorio compuesto por un presidente, quien es la máxima autoridad del Ministerio de Energía y Minas, y cinco miembros principales e igual número de alternos, según el artículo 19 del Estatuto de Ecuacier, quienes representan a:

• La Agencia de Regulación y Control de Electricidad, o a la entidad que lo sustituya legalmente, de acuerdo al ordenamiento jurídico vigente.
• El Operador Nacional de Electricidad, o la entidad que lo sustituya legalmente de acuerdo al ordenamiento jurídico vigente.
• Las empresas eléctricas, corporaciones, regionales, filiales, subsidiarias, agencias o unidades de negocio de generación.
• Las empresas eléctricas, corporaciones, regionales, filiales, subsidiarias, agencias o unidades de negocio de transmisión.
• Las empresas eléctricas, corporaciones, regionales, filiales, subsidiarias, sucursales, agencias o unidades de negocio de distribución y comercialización.

Los delegados principales y alternos son seleccionados por colegios electorales de cada uno de los grupos antes mencionados, y son posesionados en sesión ordinaria del Comité Nacional.

El periodo de ejercicio de los cargos señalados serán de dos años, pudiendo ser reelegidos. El director ejecutivo actuará como secretario del Directorio.